工程中心依托河海大学，学校成立了“河海大学可再生能源发电技术教育部工程研究中心建设领导小组”。小组成员由分管校领导、相关职能部门和相关学院领导组成，负责领导和协调本中心建设过程中的经费、人员、物品及场地等方面的问题。

在河海大学领导下，工程中心实行主任负责制。工程中心主任负责主持本中心的全面工作，并向学校提名推荐工程中心副主任和技术委员会成员人选。工程中心的技术委员会聘请了本工程中心所属领域科学界、工程界和相关企业的院士、专家、企业家共同组成了技术委员会。技术委员会为工程中心的技术咨询机构，负责审议工程中心的发展战略、研究开发计划，评价工程设计与试验方案等。

工程中心组织机构包括：主任办公室、可再生能源建模及特性测试平台、可再生能源接入仿真分析平台、水力机械高精度多功能试验平台、低速风洞试验平台、市场部和工程部。工程中心的组织机构设置如图25。其中主任办公室的主要工作是：执行校工程中心建设领导小组的决议，负责工程中心的财务与资产管理，组织项目的具体实施，适时组织召开技术委员会会议、组织或安排人员参加国内外可再生能源发电技术方面的会议，跟踪行业发展动态。市场部主要负责工程中心对外形象及产品宣传，工程项目投标、市场信息的收集与分析，工程项目跟踪，合同管理等。工程部负责工程中心产品的设计、生产、调试、现场服务、系统集成，合同的项目管理，设备维护管理。